Powód klęski protestantyzmu jest dużo bardziej prozaiczny. Od XVI w. Polska zaczęła bardzo przypominać sąsiednią Rzeszę Niemiecką, czyli była to grupa mniej lub bardziej podlegających władzy centralnej majątków magnackich, autonomicznych miast, biskupstw itp. W Niemczech jednak zadziałała zasada
Cuius regio, eius religio, przez którą w majątkach władców, którzy poparli Reformę, poddani byli zmuszani do przyjęcia wyznania swoich panów, stąd protestantyzm mógł głęboko zakrozenić się w społeczeństwie i uzyskać fundamenty wśród ludu. W Polsce protestantyzm był wyznaniem wybitnie szlacheckim, jednak magnaci nie zaprzątali sobie głowy jakimiś zorganizowanymi akcjami nawracania poddanych, zamiast tego pozwalali otumanionym przez propagandę kontrreformacyjną pozostać przy swoim katolciyźmie. W efekcie, gdy koniunktura polityczna korzystna dla protestantów odwróciłą się i zabrakło magnackich patronów Reformy, nie było wpływowych grup społecznych, które byłyby w stanie bronić praw protestantów na obszarze całego kraju.
Co do Zygmunta Augusta, to bardzo ciekawa sprawa, ponieważ królewicz miał w młodości przejawiać wyraźne sympoatie pro-protestanckie i nawet myślał o stworzeniu Kościoła Polskiego, na wzór anglikanizmu. Zwołano na 1555 r. bodajże nawet jakiś synod krajowy, który miał zatwierdzić ten plan oraz określić ustrój i doktrynę tego Kościoła, ale do ncizego nie doszło. Duży wpływ na przebieg wypadków miał niestały charakter samego Zygmunta, o którym pewien historyk pisał, że chciał on tylko dwóch rzeczy - Barbary Radziwiłłówny i unii Polski z Litwą
Jeszcze co do samego Kościoła Polskiego, sprawa jest o tyle interesująca, że swoją pomoc w organizowaniu go oferowali ludzie tego kalibru, co Melanchton, czy nawet sam Kalwin, więc jego doktryna mogłaby ewoluować w ciekawym keirunku. Do krwawych prześladowań katolików w Polsce by nie mogło dojść z uwagi na klimat tolerancji religijnej (zresztą podbudowywany politycznie - obrona wolności szlacheckich), ale sądzę, że już na początku wielu katolików dobrowolnie wsparłoby Kościół Polski, a z czasem wyznanie państwowe też głównie zyskuje, a nie traci zwolenników.